1943年5月31日，旧日本帝国海军战列舰“陆奥”号完成了在吴海军工厂四号船渠的例行检修后回到了日本联合舰队位于濑户内海的柱岛锚地，在位于柱岛西南约3000米的泊位上。
“陆奥”号战列舰当时，停泊在“陆奥”号西南1000米泊位的是“扶桑”号战列舰、“最上”号重巡洋舰、“龙田”号轻巡洋舰和数艘“夕云”级、“朝潮”级和“秋月”级驱逐舰，一帮轻型舰艇如同众星捧月一般将两艘战列舰“拱卫”了起来，而“大和”号、“长门”号、“伊势”号等战列舰则停泊在吴港附近水域。
6月8日那天，吴港下了一场小雨，天空阴云密布，能见度不到500米，使得停泊距离稍远的战舰就无法看到彼此。
当天早上，“陆奥”号舰长三好辉彦大佐登上了“扶桑”号战列舰，因为在6月7日，刚刚到任的“扶桑”号战列舰舰长鹤冈信大佐登上“陆奥”号，对“陆奥”号进行了一次礼节性拜访，作为回礼，三好辉彦对“扶桑”号进行了回访。两人同是海兵第43期的毕业生，有非常好的私交。
三好辉彦根据鹤冈信的回忆：“（三好辉彦）和我在（‘扶桑’号）舰长室里很是愉快的聊了一会天，（三好辉彦）还跟我说今晚要不要到他那里去吃个晚饭，我二话没说就答应了下来，到了11点左右吧，他就回去了。”
鹤冈信中午12时是各舰例行的换班时间，按照计划，“陆奥”号将在13时变换锚地，准备给“长门”号腾出泊位。
12时13分，还在换班的各舰官兵们突然听见一声巨响，距离“陆奥”号最近的“扶桑”号的大量官兵看到“陆奥”号停泊位置处模糊的舰影中后部突然爆发出红棕色的火焰，然后就升腾起巨大的烟柱和蘑菇云——
“扶桑”号战列舰刚刚送走三好辉彦不久的“扶桑”号舰长鹤冈信回忆道：“那时候我在舰长室已吃过午饭，刚点着一袋烟，正在此时就听到‘轰隆’一声巨响，紧接着值班的军官就冲了进来，对我大喊‘陆奥爆炸了’！吓的我整个人都蹦了起来，马上冲出舰长室跑到上甲板一看，陆奥号已经从舰体中部冒起了滚滚黄烟，此时的陆奥舰体本身还没什么变化。”
“扶桑”号上的大量官兵眼中，“陆奥”号先是在舰体后部的位置升起了少量的烟雾，位置大约在航空作业甲板上的弹射器附近，接着就是两次连续的爆炸。
时任第一舰队司令长官的清水光美中将当时正位于“长门”号战列舰上，当时“长门”号停泊的位置距离“陆奥”号超过1300米，所以在爆炸发生时，他们在“长门”号上根本无法看清“陆奥”号的轮廓，只看到刺眼的光芒从昏暗的阴云中透了出来，然后就是火光一飞冲天。
“长门”号战列舰清水光美凭经验判断肯定有军舰发生了爆炸，但不能确定是哪一艘，直到他接到了“扶桑”号舰长鹤冈信的电报，才确定是“陆奥”号发生了爆炸。
不论是“扶桑”号还是“长门”号，停泊的位置距离“陆奥”号都超过1000米，而当时的能见度不超过500米，因此在“陆奥”号爆炸发生的时候，“扶桑”号和“长门”号等舰的官兵都无法直接看到“陆奥”号的具体样貌，只能凭借爆炸产生的火光分依稀辨出“陆奥”号的轮廓。
“陆奥”号爆炸后，其余各舰一开始都以为是遭到了盟军潜艇的偷袭，毕竟当时是在战时，且日本在正面战场上已经显现颓势，再加上旧日本海军烂的一批的反潜能力，所以怀疑盟军潜艇潜入柱岛锚地发动偷袭这事理论上是存在可能性的。因此整个柱岛锚地沸腾了起来，各舰“注意敌潜艇”的警告此起彼伏，几艘“夕云”级驱逐舰迅速起锚发动，对锚地周围开展搜潜作业，经过一番折腾，直到14时30分确认没有潜艇潜入才放下心来。
“夕云”级驱逐舰两次爆炸导致43580吨的“陆奥”号的舰体从后部折断成两截，前半截舰体在极短的时间内向右舷倾覆，呈120°角翻在水中，由于泊位的水深为40米，所以在水面上已经完全看不见“陆奥”号的前半截舰体了。而后半截约45米长的一段舰体则以舰尾朝天的状态直立在水中，直到6月9日凌晨2时才完全沉入海底。由于爆炸前“陆奥”号搭载了约3800吨的重油，因此在“陆奥”号爆沉后泊位海域的海面上有将近1米厚的油层，使得被救上来的幸存者个个被重油弄得浑身漆黑。
爆炸发生时，“陆奥”号上一共有官兵一千四百七十四人，其中本舰官兵一千三百二十一人，另有上舰实习的土浦海军航空队的教官四十人和学员一百一十三人。爆炸发生后，“扶桑”号战列舰是最先放下小艇营救“陆奥”号落水官兵的军舰，随后停在稍远泊位的“最上”号重巡洋舰、“龙田”号轻巡洋舰也放下小艇加入营救，随后加入营救的是“玉波”号驱逐舰（属“夕云”级）、“朝云”号驱逐舰（属“朝潮”级）和“若月”号驱逐舰（属“秋月”级），两舰仗着灵活和吃水浅，直接开进“陆奥”号的爆沉区，冒着水下的“陆奥”号残骸继续发生殉爆的危险营救幸存人员。
“最上”号重巡洋舰模型（事发时该舰已经经过航空巡洋舰改造）“秋月”级驱逐舰“龙田”号轻巡洋舰这些舰艇总共救起了三百五十三名幸存者，其中大部分被送到了宽敞的“扶桑”号上，其中十三名属于土浦航空队成员。包括三好辉彦舰长在内的一千一百二十一人在爆炸中丧命。
“扶桑”舰舰长鹤冈信是这样回忆的：“我当即命令‘准备救生艇’，把船上所有能派出去的小艇和舢板全都派出去用于救援了。此时海面上星星点点的，到处都漂浮着‘陆奥’号的水兵，本舰（指‘扶桑’号）举全舰之力开始救援作业，我还下达了‘全力寻找舰长’的命令，但是当时在沉船现场始终没有找到，活不见人死不见尸。”
在随后的一周时间内，潜水员捞出了部分遇难者的遗体，其中就包括三好辉彦舰长。鹤冈信是这样回忆的：“人是在舰长室里发现的，应该也是刚吃完了午饭的样子，然后就遭遇了大爆炸，据潜水员讲尸体就坐在舰长室内的沙发上面。听说三好辉彦舰长的尸体捞上来了，我赶忙前去查看，发现他的后脑部受了重伤，肚子也没有喝进多少水，就灌了一点点的样子。伤口大概是爆炸时产生的冲击波造成反弹使其头部遭到了猛烈的撞击而造成的，因此 我认为他有可能当场就死掉了，死的时候没有那么痛苦，这可能是唯一值得安慰的地方。但无论如何，直到爆炸一小时前，我们都还在也一起那么愉快的聊天呢，想到此处，真是让人无时无刻不感受到命运安排的变化莫测啊。”
……
“陆奥”号爆炸沉没的消息传到东京后，日本海军省的头头脑脑们第一反应就是：“必须将这艘重要的主力舰打捞出水，然后送往吴海军工厂修复并重新参战。”
舰政本部第四部主任福田启二造船少将接到了海军大臣岛田繁太郎海军大将亲自签署的命令，要求做好三个月内将“陆奥”号打捞出水的准备。这充分说明远在东京的老爷们并不清楚“陆奥”号爆炸造成的损害有多严重，还以为是一般的可修复爆炸。
福田启二造船少将岛田繁太郎海军大将毕竟旧日本海军曾先后打捞过因弹药库爆炸而沉没的“松岛”号防护巡洋舰（1908年4月30日该舰在澎湖的马公停泊时因弹药库爆炸沉没，全舰四百五十一名官兵中被炸死二百二十三人）、“三笠”号战列舰（1905年9月11日午夜该舰在佐世保港因后部弹药库爆炸沉没，三百九十六人被炸死，东乡平八郎当天因为有事离舰登岸而逃过一劫）、“筑波”号装甲巡洋舰（1917年1月14日因弹药库爆炸沉没，全舰八百七十九名官兵被炸死三百零五人）和“河内”号战列舰（1918年7月12日因发射药自燃导致弹药库爆炸沉没，全舰一千零五十九名官兵被炸死六百二十一人），在打捞“自爆”战舰方面有比较丰富的经验——毕竟久病成医了属于是。
“松岛”号防护巡洋舰“三笠”号战列舰“筑波”号装甲巡洋舰“河内”号战列舰“陆奥”号爆沉第二天的6月9日，六名吴港的潜水员以“扶桑”号战列舰为平台对“陆奥”号进行水下探摸，但由于溢出的重油的影响，事故水域下面一片漆黑，啥也看不见，只得无功而返。6月11日，时年61岁的盐泽幸一海军大将带着由七名舰政本部的技术人员组成的事故调查委员会来到吴海军基地，登上了“长门”号战列舰，对准备水下探摸的潜水员讲解“长门”级战列舰的结构。至6月15日，待漂浮在水面的重油被清理回收后（总共处理回收了约600吨重油），水下能见度稍好后，水下探摸正式开始，由第3746号水下探测潜艇负责。
盐泽幸一6月15日，第3746号潜艇进行了首次水下探测，但因为意外被水下物体卡主而在水底下折腾了两个多小时才脱险，出水时，潜艇里的七名艇员已经只剩下一口气了，因此再也不敢使用这艘潜艇来进行勘测任务了，只能使用潜水员。勘查一直持续到7月22日才结束，结论让海军省极为沮丧：“陆奥”号已经彻底损毁，没有修复价值。
调查组根据潜水员水下探摸结果绘制的“陆奥”号沉没状态示意图可是，到了6月25日，调查委员会就匆匆提交了事故调查报告：声称“陆奥”号的事故可能出自蓄意破坏，作为调查委员会委员长的盐泽幸一更是直接将罪魁祸首锁定为一名在“陆奥”号三号炮塔服役的兵曹身上，理由是此人在事发前曾经因为盗窃遭到“精神注入棒”伺候，在心怀不满的情况下采取爆破三号炮塔弹药库来进行报复，导致了整场灾难。
《男人の大和》中日本海军兵曹用“精神注入棒”体罚水兵的场景此外事故调查委员会还怀疑新研发的三式对空弹内部的小型燃烧弹摩擦以后发生自燃，最终引爆了弹药库。此时三式对空弹已经大量生产并普遍装备于日本海军的大型军舰上，为了防止发生类似事件，各舰纷纷暂时将三式防空弹卸下。
不过经过检验，三式防空弹无论是设计还是工艺上都没有问题，加上根据目击者的描述，“陆奥”自爆时先是喷出了一团黑烟，随即升起黄褐色的烟云。调查委员会据此认为爆炸是发射药引发的（当然是坏分子引燃的），排除了三式对空弹的原因，因此各舰又陆续将三式对空弹重新装舰。
但是发射药平时是储存在密闭的金属药筒之中，即使自燃，也只能引爆单个药筒，不会导致整个弹药库爆炸，不会造成太大的破坏。能够将“陆奥”炸成两截的大爆炸，只有先将发射药药筒的盖子全部打开，引发所有发射药全部爆炸，才能实现。所以调查委员会怀疑“陆奥”爆炸事件存在人为因素。
通过走访幸存者，调查委员会得知“陆奥”此前曾经多次发生财物被盗案件，三号主炮塔的一个二等兵曹被怀疑是盗窃者，只是因为没有确凿证据证明，才没有马上处理（但挨了一顿精神注入棒）。因此调查委员会怀疑是这个兵曹心怀不满故意纵火，才导致“陆奥”自爆沉没。可是由于嫌疑人也在爆炸事件中死亡，又没有其他证据可以佐证，这么一来怀疑也就只能是怀疑。
之所以调查报告会在6月25日匆匆出炉，重要的原因是6月24日吴港来了一批“大人物”。这一天，昭和天皇裕仁、海军大臣岛田繁太郎海军大将、海军军令部部长永野修身海军大将“驾临”吴港并登上了联合舰队司令长官古贺峰一海军大将的旗舰“武藏”号战列舰，他们在舰上谈了些什么不得而知，但第二天调查委员会就“光速”提交了调查报告。
“武藏”号（左）和“大和”号（右）报告内容的省流说法是：爆炸既然没有证据证明是非人为造成的，那么只能是人为造成的。除了要求加强弹药库的管理工作之外，没有任何实质性意见，草草了结了此案。
永野修身古贺峰一半年不到的11月17日，事故调查委员会委员长盐泽幸一海军大将病逝（实际上盐泽幸一抵达吴港开始调查时就已经因身患严重的急性胰腺炎，健康状况极为不佳）。
由于从1942年6月开始，旧日本海军接连经历了中途岛、瓜达卡纳尔岛和阿图岛三场海战的战败，联合舰队司令长官山本五十六海军大将在1943年4月18日视察部队途中，因座机被美军战斗机截击身亡，6月3日刚刚进行了国葬。所以旧日本海军断然不敢将“陆奥”号爆沉的消息外露以打击已经屡屡受挫的国民士气。
山本五十六“陆奥”号战列舰因此，作为“保密措施”的一部分，参加水下调查的全部潜水员被调到了菲律宾或者新加坡；捞上来的“陆奥”号官兵遗体在第一时间火化处理，而为数不多的没有受伤的幸存者则被调往塔拉瓦岛、塞班岛等岛屿充作守备队。伤员则被集中安置在吴港附近的三子岛海军医院进行“监护性治疗”。而被“扶桑”号救起的一百五十名幸存者则在1943年8月15日被转移到“长门”号上然后被送往特鲁克前线，甚至连当时负责柱岛锚地警戒任务的柴崎惠次少将也在7月20日被调往塔拉瓦。这些人中的大部分都在随后发生的惨烈战斗中阵亡，只有极少数活到了日本投降的那天。而所有由民间寄往“陆奥”号的信件也统统被盖上“投递地址不详”的戳后原件退回寄信人，以制造“陆奥”号已经出海作战的假象。
1943年9月1日，“陆奥”号被注销舰籍。
而负责救援“陆奥”号的军舰也没得什么善终，1944年3月13日，“龙田”号轻巡洋舰被击沉；1944年10月25日，“扶桑”号战列舰和“朝云”号驱逐舰在苏里高海战中被击沉，“最上”号重巡洋舰也在同一天被击沉；1944年11月10日，“若月”号驱逐舰被击沉；1945年7月7日，“玉波”号驱逐舰被击沉。这些参与救援“陆奥”号的军舰总共约有四千多名官兵，幸存者仅一千余人。
“朝潮”级驱逐舰就在这种近乎杀人灭口式的保密措施加持下，日本国民直到日本宣布无条件投降都不知道“陆奥”号已经爆沉了——
……
日本投降后，美国占领军接管了“陆奥”号沉没海域，“陆奥”号的残骸就此成为美国占领军的财产，1947年，美国海军出动潜水员对“陆奥”号的残骸进行了一次水下勘查作业，然后在1950年将残骸移交给日本政府并允许日本政府对其进行打捞。
1953年，“陆奥”号舰艏菊纹章被打捞出水，然后在接下来的十年中又陆续捞起了大批散碎残骸；1963年6月8日即“陆奥”号爆沉二十周年纪念日这天，一门140毫米副炮被打捞上来。1970年至1978年，日本政府对“陆奥”号残骸进行了大规模的打捞：
1970年7月23日将900吨重的四号炮塔整个打捞出水；
打捞出水时的四号主炮塔1971年3月，“陆奥”号舰尾的尾端被打捞出水；
被打捞出水的舰尾尾端1971年9月，三号炮塔被整体打捞出水，而让人意外的是捞起来的三号炮塔结构异常完整，应该是在爆炸时被整个炸飞后跌入水中的。
被打捞出水的三号主炮塔1972年春，“陆奥”号舰艏段和舰尾后半段的剩余部分被打捞出水；
被打捞出水的舰艏段被打捞出水的舰尾剩余段至1978年，75%的“陆奥”号舰体残骸被打捞出水，并在舰体内发现了八百四十九名官兵的遗骸。至此日本政府宣布：“对‘陆奥’号残骸的打捞行动就此终止”。此时残存的一段长125米、拆除了舰底、左舷防雷隔舱、底部的几层甲板、所有主机和部分锅炉的舰体残骸还留在原来的位置——
虽然日本官方始终坚持“陆奥”号爆沉是出于人为破坏，即让三号炮塔那个在事故中被炸死的兵曹背锅，但是不论是日本旧军人还是民间学者对“陆奥”号爆沉的原因都提出过诸多猜测和推论，除了那个不靠谱的潜艇攻击说外还有如下说法：
间谍破坏：可能是盟国的间谍收买了某个“陆奥”号的舰员趁着“陆奥”号检修时秘密安装了定时炸弹。但是这个说法遭到了广泛的质疑，因为战时的日本对外国侨民管制非常严密，即便是作为盟国的德国和意大利的外交官要出行都要向日本宪兵队报备，更别说中立国的侨民。至于吴港这种军事要地更是被海军的宪兵部队——海军特别警察队严密保护，根本没有可能进行破坏行动。
三式对空弹爆炸：这个说法非常有代表性，日本投降后，美国方面对缴获的三式对空弹进行了测试，报告显示三式对空弹内的填充物远比常人想象的要稳定得多，即便是意外倾倒，内部的化合物或者引信也不会发生任何危险，这个结果进一步排除了三式对空弹性能不稳定造成爆炸的可能。不过，报告还留了一个尾巴：不能排除某一枚三式对空弹可能存在个体问题二导致的自燃或者爆炸。
红色的就是三式对空弹发射药自燃：这和三式对空弹爆炸这个说法同样具有代表性。但是美国海军在战后对缴获的“长门”号战列舰主炮弹药的发射药包进行测试，给出了非常高的评价，认为发射药的钝化剂效能超过二战时其他国家的同类产品，包括美国海军自己的发射药钝化剂。另外发射药中作为润滑剂使用的凡士林含量较大，也可以起到一定的稳定作用。不过，报告中也提出药包底部夹层内的黑火药性能不稳定，但是所有发射药都被保存在圆柱形铝制容器里，水平放置在火药库里，铝制容器可以起到隔热、防火、防静电的作用，更何况火药库里还有喷淋式消防系统和紧急注水系统以防不测。另外，日本海军的弹药库安全规范已经运作了24年，期间没有发生过任何发射药自燃事故，所以发射药自燃的推论的反对者同样众多。
在历次对“陆奥”号水下残骸的探摸中发现：“陆奥”号舰底右侧的破坏程度比左舷严重得多，爆炸不仅完全炸毁了舰底，还对侧舷和上层甲板造成了巨大的破坏，这也是“陆奥”号前半截舰体往右侧倾覆的原因。“陆奥”号后部弹药库附近超过30米长的舰体段被彻底炸碎，因此判断“陆奥”号的爆炸确实是弹药库爆炸。
那么，既然三式对空弹爆炸、发射药自燃和人为破坏的可能性都不大，那么导致“陆奥”号后部弹药库爆炸的原因是什么呢？目前比较靠谱的说法是：火灾最初发生的地点并不在弹药库的内部，而可能在临近弹药库的舱室中，即便弹药库始终没有发生火灾，但临近舱室发生的火灾会导致弹药库舱壁的温度升高，导致位于弹药库底部火药库的发射药包内的黑火药处在不稳定状态而导致某个发射药包发生爆炸，进而产生链锁爆炸。根据目击者听到两次爆炸的回忆，推测第一次爆炸可能发生在副炮弹药库，而第二次爆炸则是主炮弹药库。
当然上述也只是猜测，“陆奥”号爆沉的真正原因至今依然没有一个明确的说法，依然是埋在历史尘埃中的一个谜。
保存在江田岛海军学校的“陆奥”号主炮（炮塔为重建的复制品）